Theo đó, với những cơ sở thực phẩm sản xuất kinh doanh ngành hàng thực phẩm do ba sở cùng quản lý và cơ sở do từ hai sở trở lên quản lý (trong đó có Sở Y tế hoặc ngành hàng chưa có sở nào được phân công quản lý) thì Chi cục An toàn vệ sinh thực phẩm (Sở Y tế) sẽ cấp giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện an toàn thực phẩm. Với những ngành hàng do hai sở trở lên quản lý nhưng không có Sở Y tế thì Sở Nông nghiệp và phát triển nông thôn tiếp nhận và cấp giấy chứng nhận.
Theo UBND TP, đây là biện pháp tháo gỡ tạm thời trong khi chờ thông tư liên tịch giữa Bộ Y tế - Bộ Công thương - Bộ Nông nghiệp và phát triển nông thôn hướng dẫn việc cấp giấy chứng nhận cơ sở đủ điều kiện an toàn thực phẩm.